在GameFreak宣佈推出『寶可夢 朱紫』的DLC『零之秘寶』之後，官方也開啟了本作與『寶可夢GO』的聯動。
不過在Reddit上，很多玩家表示自己遇到了『寶可夢 朱紫』與『寶可夢GO』同步數據後丟失存檔的惡性bug，任天堂官方在接受bug反饋之後表示正在調查。
在『寶可夢 朱紫』與『寶可夢GO』的聯動中，玩家可以通過遊戲之間發送明信片的形式，在『寶可夢GO』中使用『重要的寶箱』，在其周圍收服索財靈的徒步形態，而『寶可夢 朱紫』中玩家也可以遇到不同花紋的彩粉蝶。
所以對於國外玩家來說，這是獲得『寶可夢 朱紫』中無法直接收服的寶可夢的重要途徑。
不過很多玩家在同步數據之後就出現了『寶可夢 朱紫』存檔文件損壞，無法識別的情況。
甚至有玩家因為購買了遊戲季票下載對應數據後，存檔被刪除。
任天堂官方回應稱他們正在調查這個bug，並且建議玩家們目前不要將『寶可夢 朱紫』與『寶可夢GO』數據進行同步。
『寶可夢GO』的同步bug，對於國內玩家來說也算是躲過一劫，但是在『寶可夢Home』還沒有與『寶可夢 朱紫』打通的現在，還是不能掉以輕心，畢竟不能排除聯動寶可夢的問題，誰也不想自己好不容易收服的閃光寶可夢直接隨著存檔消失。
有玩家表示很可能是不同花紋的彩粉蝶所導致的問題，建議不要在改變花紋的彩粉蝶附近存檔。
